Victime de phlébites (caillot sanguin se formant dans une veine et pouvant se déplacer) à répétition, Emerse Faé est contraint d'arrêter sa carrière à seulement 27 ans. En effet, le collège d'experts qui a statué sur le cas d'Emerse FAE ne l'a pas autorisé à poursuivre sa carrière de footballeur de haut niveau. Toujours sous contrat avec Nice jusqu'en juin 2012, le joueur niçois met fin à sa carrière. A l'issue du match face à Caen le 1er octobre 2011 (1-1), Emerse Faé avait de nouveau ressenti une douleur. «Après cette rencontre, il a eu un étirement derrière une cuisse qui a été traité, et on pensait qu'il serait absent pendant quatre ou cinq jours, avait expliqué Eric Roy. Mais deux jours après, il a ressenti une gêne à un mollet, et il a passé des examens à Paris qui montrent qu'il a contracté une nouvelle phlébite. C'est un coup dur pour lui, une énorme désillusion, mais c'est un garçon de caractère et on va l'aider.»